Dit gebied beslaat een oppervlakte van 7.939 hectare en telt meer dan 30 eilanden, geclusterd in drie groepen. De eilanden bieden een verscheidenheid aan landschappen en zijn de thuisbasis van een schat aan fauna, waaronder de Bonin Flying Fox - een ernstig bedreigde vleermuis - en 195 bedreigde vogelsoorten. Tot nu toe zijn er 441 inheemse plantensoorten gevonden op de eilanden, waarvan de wateren talloze vissoorten, walvisachtigen en koralen onderhouden. De ecosystemen van de Ogasawara eilanden weerspiegelen een waaier van evolutionaire processen, geïllustreerd door de verzameling plantensoorten uit zowel het zuidoosten als het noordwesten van Azië en de vele inheemse soorten.