De gegevens uit de Cartotheek zijn deels gebruikt voor deportatielijsten. In tegenstelling tot andere registratie van Joden uit deze periode is de Cartotheek door Joden zelf aangelegd.
Na de oorlog is de Cartotheek decennialang gebruikt ter informatieverstrekking aan nabestaanden. Recentelijk is dit kaartsysteem overgedragen aan het Joods Museum met als doel het in een museale setting voor een breed publiek toegankelijk te maken. De kaarten zijn al digitaal toegankelijk via nationale en internationale databases.
Het feit dat elk van de kaartjes staat voor een mens, slachtoffer of overlevende, maakt de omvang van de Jodenvervolging in Nederland op een pijnlijke manier duidelijk. De kaarten geven naast persoonsgegevens en het verloop van de individuele oorlogservaring ook summiere persoonlijke beschrijvingen van de individuen. Dit zijn vaak de enige overgebleven beschrijvingen die een indruk geven van de ‘mens’ die er ooit was. Daarmee is de Cartotheek vooral voor de nabestaanden buitengewoon belangrijk. Ook geeft de Cartotheek een schat aan informatie voor wetenschappelijk onderzoek en worden de kaarten ingezet voor educatieve doeleinden.